书中多次写到了诸葛亮在神灵的帮助下度过危机的故事，情节曲折离奇，充满神异之色彩。⬛（1）在危机面前，总有神灵来帮助诸葛亮诸葛亮率兵南征，途经一泉，将士因口渴而争饮泉水，不想饮者皆不能言。诸葛亮知是中毒却无计可施，远远望见山冈上有一古庙，便攀藤附葛而上去拜祭。拜毕，一老叟扶杖而来，不仅为诸葛亮解释了中毒的原因，还赐以解毒之法。
之后询问才知此老叟非一般人也，而是此处的山神。遇见山神已是不可思议，而老叟的一句“奉伏波将军之命，特来指引。”更是令人匪夷所思。伏波将军马援乃是东汉光武帝时期的人，与诸葛亮所处时代相距甚远。前朝名将指点的情节让诸葛亮的这一经历除了有神秘感的同时还多了几分“天命所向，众望所归”的意境。此后，蜀兵又遭遇缺水危机：掘地二十余丈，十余处，却无滴水。
诸葛亮无奈之下焚香告天，之后获得满井甘泉。征战中虽遭遇诸多不顺，但诸葛亮似乎总是受老天庇佑，并能与神灵沟通，使困难最终得以解决。祭泸水汉相班师一节所写种种，更是怪像丛生，神乎其神。孔明班师回国至泸水，“忽然阴云布合，狂风骤起，兵不能渡”询问孟获才得知，水中常有猖神作祸，孔明疑惑，亲自到泸水边查看，不想之后更是瘴烟弥漫，鬼哭神号。
按照当地旧例，要用四十九颗人头和黑牛白羊祭享，才能平息，然而诸葛亮认为泸水此番景象本就是怨鬼太多所致，因此不能再妄杀。于是用馒头代替人头作为祭品，设香陈案，祭奠亡灵。之后便见“愁云怨雾之中，隐隐有数千鬼魂，皆随风而散”，次日更是“云开雾散，风平浪静”。此故事中，诸葛亮似乎成了一个通晓阴阳的判官，可洗清死者之冤情，携客死他乡的魂魄返回故里。
⬛（2）诸葛亮可通天界、人间、地府，诸葛亮具有“神性”是因为他顺应天意、顺应民心在民间的传统观念中，天界、人间、地府有着严格的划分，能通三界并与之交流者必然是具有神通之人，《三国演义》中的诸葛亮能得到已逝名将的指点、当地山神的帮助、也可以设坛焚香，安抚冤魂，其本领非凡人所能及。书中所述的这些情节承袭了民间诸葛亮传说中的神异部分，然而又与之前的有所不同。
以往所写的诸葛亮的“神通”要么是与生俱来的，要么是通过自身的修炼而成的，如《三国志平话》所言，“诸葛亮本是一神仙”，然而，《三国演义》中，这种能力是以诸葛亮“匡扶汉室”的理想和“宽德仁厚”的品格为基点的：遇毒泉时，诸葛亮所忧之事是“蛮方不可平”，有负先帝重托，无法复兴汉室；军中缺水，诸葛亮焚香告天心念的是大汉的福祉；祭泸水颂扬的是死去将士的忠君爱国之志。
正是由于诸葛亮拥有厚德载物、家国天下的大情怀，才使得神灵愿意帮助，冤魂得以安息。故事中对“复兴汉室”“仁慈忠义”的反复强调让诸葛亮的神化形象上升到了一个新的高度：诸葛亮具有神性是因为他顺应天意、顺应民心，而以往故事中为展现诸葛亮与众不同而描述的其与生俱来或是修法求道得来的能力在这本书中被淡化了。这容易使民众从神仙方术中脱离出来，引导人们相信只有那些存有仁善爱国之心并顺天意而行的人，才有可能具有“神通”本领。
诸葛亮神化形象因此具有了政治教化的意义。第三、用兵如神——诸葛亮“神化”成了善于用兵的军事奇才，真真假假中，敌军落入圈套；虚虚实实间，胜负已成定局。历史上的诸葛亮，其军事才干饱受争议，肯定之人不吝惜赞美之词，否定之人却又极力批驳。但在《三国演义》中，诸葛亮用兵之神、之奇却是被众人所承认的。作者用一种带有浪漫色彩的手法将诸葛亮“神化”成了善于用兵的军事奇才，真真假假中，敌军落入圈套；虚虚实实间，胜负已成定局。
⬛（1）“知己知彼，百战不殆”——诸葛亮分析人心精准到神乎其神，少有失误《孙子兵法·谋攻篇》曾言：“知己知彼，百战不殆”。所谓知彼，很重要的一点便是知其优势，避其锋芒；知其弱势，攻其软肋。只有进攻得当，才能克敌制胜。在《三国演义》中，诸葛亮神就神在他能迅速准确地找到敌人的弱点以攻之，“对于匹夫之勇的，便使其急躁；急躁而求胜的，便进行持久战；对于贪婪而好利的，加以贿赂；仁慈而心软的，便使其疲惫；对于聪明多智而胆怯的，便使之窘迫；对于善用谋划而优柔寡断的，可以突然袭击”。
