由此可见，秦琼活着的时候，官职不如其他亲信，死后哀荣也非常一般，追赠的官职也并不算大。俗话说：“不患寡而患不均。”如果李世民不给其他人发糖，那他不给功勋卓著的秦琼发糖，也是情理之中。可当李世民给旁人发了一堆糖，却只愿意给秦琼几颗，就显得有些“刻薄”了。到底是什么原因，导致李世民要这样对待秦琼呢？从两人的相处细节来看，李世民如此对待秦琼，主要原因，可以概括为四个字：君臣离心。
不止是李世民猜忌秦琼，秦琼也不愿意搭理李世民。李世民对秦琼的猜忌 李世民登基后，如此对待秦琼的原因之一，是他对秦琼的忠心，产生了怀疑。在归顺李唐之前，秦琼几次易主，虽然李世民求贤若渴，但不免在心中留下一颗怀疑的种子。此外，每一次，秦琼立下赫赫战功，李渊都给予秦琼过分的褒奖，也加深了李世民的猜忌。击溃宋金刚的那一次，李渊赏赐秦琼金瓶，加封他为上柱国，并且对他说：“你不顾妻儿过来投奔我，还立下这样的军功，我连肉都可以割给你，更何况是一些财物！” 从征于美良川，破尉迟敬德，功最居多。
高祖遣使赐以金瓶，劳之曰：“卿不顾妻子，远来投我，又立功效。朕肉可为卿用者，当割以赐卿，况子女玉帛乎？卿当勉之。”（《旧唐书·秦琼传》） 击溃王世充的那一次，秦琼又被加封为翼国公，赏赐财物。从讨王世充，每为前锋……世充平，进封翼国公，赐黄金百斤、帛七千段。(《旧唐书·秦琼传》) 此时的秦琼，是李世民府中的人。
他被赏赐，也代表着李世民的荣耀。但李世民欣喜之余，也难免会猜想，秦琼的心偏向父皇李渊更多，还是偏向自己更多。尤其，当李世民背着李渊搞小动作的时候，他根本拿不准秦琼会不会密奏。这种疑心，到玄武门之变时，不断放大。玄武门之变，秦琼到底有没有参加过，史书上的记载不一。《旧唐书》的《太宗本纪上》、《长孙无忌传》中，都对参与玄武门之变的人，进行了列举，其中，秦琼是最有争议的人之一。
如果，秦琼没参与玄武门之变，那么，他作为李世民的亲信，立场就十分可疑；如果，秦琼参与了玄武门之变，那么，按照他在战场骁勇善战，他理应身先士卒，立下赫赫战功。然而，据史书记载，秦琼只是跟着李世民抵达了玄武门，并没有特别的功绩。反倒是尉迟敬德，亲自射死了李元吉。从秦琼后来受封的功绩来看，就算他参加了玄武门之变，想必也是消极抵抗的态度，人在心不在。
李世民宽仁，但他不是傻子，对这样的秦琼，自然“如鲠在喉”，难以优待。秦琼不想搭理李世民除了李世民的疑心，秦琼自己，也不愿意和李世民过分亲近。此前，秦琼几次易主，看似不忠诚。可实际上，他并非不忠之人。最后一次，秦琼离开王世充的原因，是不耻王世充的行径，由此可见，秦琼绝对是个正义之人。其实，王世充对秦琼和程咬金都非常好，都给了高官厚禄，并予以厚待。
