可是张居正一死，继任的首辅申时行就教给了万历皇帝将奏疏留中的偷懒办法，因此，万历帝养成了这种坏习惯。万历帝这次把百余件奏疏留中，很明显在包庇郑贵妃，而群臣一点也不给皇帝面子，他们认为如果不严办这件事，会动摇太子朱常洛的地位，岂不是让郑贵妃得逞了？甚至群臣怀疑万历皇帝要废了太子朱常洛。他们一边继续上疏万历帝，一边去游说太子站出来说话。
可是呢，太子朱常洛因为自己是宫女所生，本来就不招万历皇帝喜欢，于是，不想惹事，要明哲保身。万历皇帝看到这么多奏疏，里面证据确凿，也不能不动摇，从而怀疑郑贵妃真的要害太子，但是他又想包庇郑贵妃，因此，万历皇帝就跟太子朱常洛沟通了一下，想出了一个两全其美的办法，既给群臣一个交代，又不连累郑贵妃。万历皇帝在隐藏深宫二十五年以后，第一次召见了群臣，他跟太子一起出现在群臣年前，父子二人装作父慈子孝的模样，告诉群臣，父亲没有废太子的意思，也不容许别人阴谋废除太子，儿子告诉群臣，我们父子关系好着呢，你们这些大臣别乱猜，都歇了吧。
看到没，父子二人压根就没提郑贵妃的事，就这样，万历皇帝把郑贵妃给保下来了。可是，郑贵妃保下来了，太子也没追究，那个在太子宫打人的张差，和指使他的人，就成了替罪羊。两个直接执行这件事的太监，被偷偷的做掉了。群臣一看，万历这么护着郑贵妃，太子又不愿意追究，也没办法，之前牵扯这件事的太监被定了罪，弄死了，算是有个表面的结果，大家也就认了。
梃击案大体过程就是这样。就是这件事，群臣攻击到了万历的宠妃，又牵扯太子，群情激愤，万历皇帝才在二十五年后召见的群臣。万历皇帝自万历十八年不再召见群臣，到万历四十三，整整二十五年没见过文武百官，不是三十年。万历皇帝这么长时间，躲在深宫里，又是怎么掌握住朝廷的大权的呢？就是靠的奏疏制度！通过奏疏制度，皇帝见不见文武百官，都能一样处理国家大事。
这个奏疏制服，牵扯到朝廷内外两个机构，外就是内阁，内就是司礼监。明朝的内阁，是皇帝的秘书处，负责票拟，所谓票拟，就是内阁的辅臣代替皇帝看文武百官的奏疏，看完以后，对于奏疏里大臣们奏报的事，写一个自己的建议，比如，兵部有人上疏说要打努尔哈赤，需要多少兵，多少钱，谁去带兵，内阁首辅就根据这件事写出自己的建议。
这叫票拟。票拟完以后，上交到皇帝那里御览，皇帝同意内阁的票拟，就批红盖章，然后内阁联合六部九卿去执行。皇帝不同意，就把票拟打回内阁，让内阁辅臣重新提建议。所谓批红，就是皇帝用毛笔沾了朱砂碾成的墨汁给票拟批示自己的意见，因为朱砂是红色的，所以叫批红，也叫朱批。可是呢，明朝的皇帝，是越来越懒，越来越昏，他们自己觉得看不过来这么多奏疏和票拟，就让太监代替自己批红。
明太祖朱元璋严禁明朝太监识字，明成祖就不管这一套，反而在皇宫设立内书馆，让翰林院学士进宫教太监识字，太监识字后就可以代替皇帝批红了。负责批红的太监机构，叫司礼监，是明朝皇宫里最有权势的一个机构，一般司礼监设掌印太监一名，提督东厂太监一名，秉笔太监多名。排名第一的秉笔太监常常兼任东厂提督太监。明朝皇帝有了奏疏制度和司礼监、内阁两个机构，即便不见文武百官，也能处理国家大事，牢牢掌握住国家的大权。
因为百官的权力，都来自批红和盖印，没有皇帝的批红和盖印，你的想法和措施，就没有效力，就得不到执行。因此，明朝出了那么多乱政的太监，因为他们有批红和盖印的机会。实际上，明朝的内阁没有实权，只有张居正时期有实权，倒是六部里的吏部尚书有点实权，因为吏部管朝廷的用人。吏部尚书如果入了阁，往往就一手遮天，比如隆庆皇帝时期，高拱就是吏部尚书，入了阁以后，不是首辅权势却比当时的首辅还大。
吏部尚书可以拉帮结派，指挥自己手底下的御史和六科给事中等言官攻击对手，高拱就是这么把内阁里的对手都赶走，最后自己当上首辅的。如果你是阁臣，又跟司礼监掌印太监关系特别好，那你将更加一手遮天，甚至握有实权。像张居正，为什么有实权？因为他是内阁首辅，又跟司礼监掌印太监是同盟。说实在的，如果皇帝不放权给掌印太监，你单单是个首辅，跟掌印太监关系再好也是没什么用的。
