和孤鸿子有婚约在身的灭绝师太就这样成功与明教结仇，后来她最看重的弟子纪晓芙竟爱上了她的大仇人杨逍，就让她对明教的仇恨更加升级，誓要灭绝明教。少林：孤鸿子死后，泰山北斗之一是少林派出渡厄、渡难、渡劫三渡组合匡扶正义，三渡组合上光明顶，得到直接对阵阳顶天的机会，估阳顶天有感少林威名不敢托大，亲自迎战，最终击败了三渡，其中渡厄还被阳顶天打瞎了一眼。
三渡逃回少林后，坐枯禅三十年，练成“金刚伏魔圈”，意欲报仇。后来，圆真（成昆）为了唆使少林带头成立“抗魔联盟”（反明教联盟），诈骗空见神僧化解他跟谢逊的恩怨，致使空见为了感化谢逊，死在他的“七伤拳”之下，不明所以的少林将谢逊罪过一并算到明教头上，两派仇恨升级，少林开始牵头建立“抗魔联盟”。崆峒和华山：崆峒派、华山派与明教的结仇很简单，崆峒派的《七伤拳谱》古抄本被谢逊所夺，将罪责归于明教。
华山派的掌门鲜于通始乱终弃，为了掌门之位，抛弃了蝶谷医仙胡青牛的妹妹胡青羊，胡青羊羞愤自尽，造成一尸两命的惨事。鲜于通害怕胡青牛和明教的报复，害死自己师兄白垣嫁祸明教，华山派参加围剿明教多半就是因为这笔“血债”。武当：武当在这六派中与明教的瓜葛其实有别于其他五派，虽然俞岱岩和张翠山先后卷入“屠龙刀风波”，导致一残一死，但张三丰知道这实际上不是明教之过，求同存异，容纳百川的张三丰一直希望能与明教和衷共济，消除隔阂。
不过，作为武林泰山北斗，在武林各大派皆言受明教所害的情况下，光明顶之行纯属为了维护正义，在光明顶，武当五侠的作为是有异于其他五派的。就这样，六大派为了师出有名，以明教历来的“魔教”之称，竖起“斩妖除魔”的大旗，把自己标榜为正道的化身，誓将“魔教”连根拔起。明教的“魔教”之名，在武林中再次得到确立。为了各自利益，罔顾明教抗元事实，这在当时的武林中其实并不少见，像曾经的第一大帮丐帮，为了保住江湖地位，就无视救国大业，表示决不能让明教成事，还暗中捣乱，甚至意图胁迫明教中的义军将领，就更不要谈与明教有深仇大恨的那些门派了。
倚天屠龙记中，波斯的明教总教主小昭最后去哪了？
小昭回到波斯后，得张无忌书信指点，十年间“乾坤大挪移”大成。此后，小昭辞去教主之位，来到中土寻找张无忌，恰逢张无忌因救汝阳王被擒。于是，小昭和赵敏、周芷若、殷离四女摒弃前嫌，和杨逍、范遥一起救出了张无忌。最终张无忌携四女隐居灵蛇岛。小昭“乾坤大挪移”大成，辞去教主之位当初，小昭为救母亲黛绮丝，忍痛和张无忌分别，回波斯当了明教教主。
波斯明教掌握实权之人，是风云月三使和十二宝树王，教主只不过是名义上的领袖，因此这教主并不是人人想当。好在小昭虽然颇有领导才能，却不是贪恋权位之人，倒也不觉得委屈，只是失去了很多普通人本应享受的自由，令她郁郁寡欢。三年后，来往波斯与中土的客商，为小昭带来一封书信，这封信正是张无忌所写，说小昭若想获得真正的自由，必须先让自身强大起来，因此张无忌在信中附上了他注解的“乾坤大挪移”的精义。
写这封信时，张无忌已将“九阳神功”、“乾坤大挪移”和“太极心法”融会贯通，他发现:“九阳神功”讲究阴阳相济，神完气足。“乾坤大挪移”也是利用阴阳二气，达到各种神奇的效果。而“太极心法”也同样是从阴阳两仪中化来。特别是“太极心法”大成之后，“乾坤大挪移”对他已没有秘密可言。小昭收到张无忌的书信，心中不禁泛起了涟漪，恨不得马上飞奔中土，与张无忌相会。
但她也深知，除非自己把“乾坤大挪移”练到相当高的境界，否则一切都是空谈。于是，小昭暂时按下对张无忌的相思，加快按照张无忌书信中的方法，修炼“乾坤大挪移”神功。按照以前的认知，不管一个人悟性多高，每修炼一层“乾坤大挪移”，也至少需要七年的时间。小昭收到张无忌书信时，已经练成了第一层，基础已经打好。下面她练的，其中已经融合了“九阳神功”和“太极心法”的要旨，修炼起来事半功倍。
因此她只用了五年时间，便修到了“乾坤大挪移”的第五层。不久后，小昭将“乾坤大挪移”心法和教主之位传予圣女莉娜，自己飘然离去。风云月三使和十二宝树王虽有不满，但一来教主之位有人继承，“乾坤大挪移神功”也在；二来小昭的武功已深不可测，没有人能够制住她。若小昭不甘心做一个傀儡教主，波斯明教必定掀起内斗，徒耗实力。
