除了将顺治当成傀儡外，他还和孝庄太后有种说不清的关系，历史中称为“太后下嫁”。明朝遗臣张煌言《建夷宫词》中描述了具体场景：上寿筋为合卺尊，慈宁宫里烂盈门。春官昨进新仪注，大礼恭逢太后婚。其实，顺治能够登基，多尔衮居功至伟，孝庄势单力薄，唯有美色可以利用，多尔衮贪恋女色和权力，两者一拍即合，最终有了民间的传闻。
虽然正史中并无记载，但有几点史实却可以印证。顺治将多尔衮封为“皇父摄政王”，皇父为皇帝对父亲的称号。孝庄死后没有与皇太极合葬，而是在死后37年雍正才给下葬顺治陵外，康熙在位时都不敢下葬，因为不合礼法。孝庄对多尔衮百依百顺，毫无办法，这与其泼辣的性格不符顺治对于孝庄的这些传闻十分气愤，同时也不愿意当“笼中鸟”，于是在很小的时候就在心中埋下了复仇的种子，他只是在等待一个合适的时机。
对多尔衮的态度变化反映出顺治帝内心的不平1650年12月，多尔衮在塞北狩猎途中不慎坠马受伤，伤情十分严重，没过几天就因伤去世了，时年38岁，正值壮年的多尔衮突然去世让顺治非常震惊，他当即带领文武百官在东直门外迎接多尔衮遗体回京，此后不仅按照皇帝的规格厚葬了多尔衮，还追封其为“义皇帝”，庙号成宗，对其后人大家抚恤。
不过奇怪的是，仅仅过了两个月，他对多尔衮的态度就发生了翻天覆地的变化，这源于多尔衮的旧部苏克萨哈和张岱等人向顺治帝告密，多尔衮有谋逆大罪，私自制造龙袍，还打算兴兵作乱，他昔日的政敌也纷纷举报多尔衮有不法行为，由此顺治帝为其定了14条大罪。顺治掠夺了多尔衮生前及死后一切爵位和俸禄，并且对其挖坟掘墓，鞭尸斩首，由此看出他对其恨之入骨。
可能一开始顺治不太相信多尔衮真死了，但发现确实如此，自己大权在握后就在众大臣的“撺掇”下开始了报复行为。在意大利传教士卫匡国所著《鞑靼战纪》中有这样的记载，“那是一座豪华尊贵的陵墓，本该是一片清静之地，让亡者在那里安息，但是一群官兵却围住了陵墓，将其破坏，陵墓成为一滩灰烬，亡者被他们挖了出来，空气中弥漫着淡淡的腐朽气味，那是生命完结之后的味道，周围的官兵不时辱骂，可是上面的命令却不得不从。
开始时，大家有所不忍心地说：对不起了王爷，要是你索命就去找那个下令的人吗？随后他们用棍子敲打尸体，等破坏到一定程度，又用鞭子抽打，随后还将尸体的脑袋砍掉，将尸体暴露于大众视野。”。不过100多年后，乾隆皇帝认为“多尔衮是深明大义的忠臣”，不仅恢复了他的称号，将他的陵墓重新修建了起来，每年还给他祭扫，他的理由是“如果多尔衮想称王，早在清朝入关前便以黄袍加身，何须等到顺治登基吗？”顺治心生不忍，并没有对多尔衮的女儿和他的养子赶尽杀绝虽然顺治对多尔衮十分痛恨，但他却并没有因此而处死他的女儿和养子，而是放了一马。
多尔衮没有儿子，所以他弟弟多铎就把自己儿子多尔博过继给了多尔衮，没想到多尔衮死后，多尔博受到牵连，被废除亲王称号，恢复多铎子嗣身份。几年之后，多尔博受封多铎贝勒，在30岁时就去世了，乾隆后来为多尔衮平反后，多尔博的子孙后代也沿袭了睿亲王爵位。多尔衮的女儿东莪格格母亲是朝鲜宗室李世绪之女，史书记载东莪格格和多尔博一同交给信郡王多尼看管，但是对其去向则众说纷纭。
一种说法是东莪格格最后嫁到了蒙古，这也是她身上唯一的利用价值，虽然被消除宗籍，但是清朝与蒙古部落频繁通婚，作为皇室子女，她嫁到蒙古的可能性很大。史书上从顺治7年12月多尔衮去世到顺治驾崩，10年间有两位身份不明的满清女子嫁到蒙古，一位是顺治13年嫁到科尔沁土谢图亲王巴雅斯护朗，另一位是顺治15年嫁给科尔沁台吉鄂齐尔。
根据年龄推算，顺治十三年东莪为18岁儿，顺治十五年东莪为20岁，所以前者可能性更大。另外，信郡王多尼曾迎娶了土谢图亲王巴达礼的女儿，也就是巴雅斯护朗的姐姐，由此可见多尼与土谢图亲王巴达礼互换婚亲的概率很大。还有一种说法，东莪被多尼收养后不堪其辱流落民间，最终嫁给了一名汉人，她出嫁后生活并不好。但她是多尔衮的女儿，又是皇族格格，按照当时汉人对满族的歧视抵抗，满汉之间很难有婚姻，因此，这种说法缺乏根据，实属无稽之谈。
