但此事给万历皇帝带来的心理阴影终身无法消除，张居正是年轻的万历皇帝偶像一样的存在，结果在文官们的蛊惑下，他亲手毁灭了自己的偶像，从此再也不相信任何一个文官了。而紧接着发生的“立储之争”则完全使皇帝与文官之间势同水火，文官们轮番上阵，唇枪舌剑，常常让皇帝焦头烂额，从开始的引经据典讲道理，到后来的破口大骂，使皇帝威严扫地，甚至有文官以恶骂皇帝成为红人，被粉丝们直接拥戴进入内阁。
万历皇帝性格优柔寡断，完全体现在立储之争的事件中，长达十几年没完没了地争论，使朝廷中党派林立，也使万历帝烦不胜烦，其结果不仅种下了党争的恶果，还造成皇帝数十年不上朝。但问题远没有终结，在文官集团的制衡下，贵为皇帝的万历帝在立储争议中一败涂地，不得不屈服于文官集团的压力，立自己不喜欢的儿子朱常洛为太子，虽然最终文官们获得了完胜，但皇帝与文官的对立进一步加剧。
让心爱的儿子朱常洵没有当成太子，心有不甘的万历皇帝开始为这个儿子谋划经济补偿，可朝廷的税收制度有祖宗成法，不到万不得已不敢轻易改变，其实有强大的文官集团在就是想改变也改变不了，不得已就利用宦官力量另辟蹊径，开征恶名昭彰的矿产税，专门用来给这个儿子开支，没有当成太子的儿子福王，仅大婚就花费了三十多万两银子，又给儿子打造了一座金碧辉煌的福王宫（最终成就了李自成的“福禄宴”）。
但矿产税的开征，让宦官们为所欲为，不管是商铺还是宅地，甚至是祖坟，宦官们说地下有矿产，物主就得纳税，使尽了各种敲诈勒索的手段，由于恨意难消的万历皇帝将征收矿产税的宦官都派往了文官集团的家乡，在恶意报复的同时，也使宦官势力进一步坐大，而大多与文官集团有着亲属关系的江南商户，受此税的祸害不浅，实质上这一恶果，堵死了大明王朝最后一任皇帝崇祯皇帝在未来与江南商户合作的大门，最终成为葬送大明江山的直接祸根。
明朝皇帝不断尝试从文官手里夺权，为何最后还是以文官获胜告终？
明朝正式形成文官集团体系和皇权进行抗衡，是在隆庆年间。此前历代明帝或多或少对朝政的控制力还是很强的，他们稳坐钓鱼台，看各派系的文官互相争斗！当然这不代表文官集团势力弱。事实上，从成化帝开始，文官已经坐稳了天下道统领导者的位置，这是时代发展的必然，也是儒家发展的必然！当然，这一切还是明太祖朱元璋自己设定的政治制度！朱元璋起于微末，出身贫寒，他经历了元末大乱和军阀混战，从而建立了大一统王朝。
站在他的角度，自然希望自己的王朝能够千秋万代，就如他所言，元宽政而失天下！所以他必须为自己的大明帝国设计一个一劳永逸的政治制度、经济体系，重塑社会逻辑道德体系！在这样的思维下，朱元璋限制民间自由迁移，严格执行路引制度，故而洪武朝民间的生产力是恢复了，但商品经济远不如万历朝那么兴隆，最典型的例子就是壮大于明朝的徽商此时都躲在徽州的大山里读书，而不敢大批量的外出经商。
在政治制度下，朱元璋对大明朝的官场监控很严厉，几次对开国功臣进行打压，但并不是对文人一网打尽，反而给他的后继者（懿文太子朱标，后是太孙朱允炆）留下了方孝孺这样的读书人领袖！为什么是方孝孺？因为在朱元璋眼里方孝孺就是维护天下道统的利器，因为方孝孺“恒以明王道、致太平为己任”的道德信念。而方孝孺这种思想，早在洪武七年（公元1374年）就在其著作《深虑论》中完美体现，此时方孝孺才17岁。
在这部伟大的著作中，方孝孺提出了一个尖锐的问题，即封建王朝能不能实现以及怎么实现长治久安、千秋万代，重要讲述的是建立道德体系并掌握改体系话语权的重要性！方孝孺的文章让朱元璋看到一个问题，即大明帝国要想实现千秋万代，离不开文官的治理，但又不能放任文官壮大而不顾，这个道德体系的话语权必须掌握在皇家手中。老皇帝的这种思想深深影响了他的第四个儿子朱棣！所以，方孝孺试图成为天下道德体系的建立者和话语权的掌握者注定要失败！所以尽管有洪武帝给他“此庄士，当老其才”的评价，但遇到靖难上台的永乐帝，坚持道统秩序的方孝孺付出了惨痛的代价！但尽管如此，明朝的文人们并没有放弃对天下道统体系话语权的争夺！在古代“天地君亲师”的架构下，皇帝固然是天下最尊贵的人，但孔圣的位置是不能忽略的，能代表孔圣在人间行使权利的人，就是读书人，就是朝堂上的文官们，这是时代赋予的特性！如：仁宣时期和正统初期的三杨，景泰朝的于谦，天顺时期的李贤，成化朝的商洛，弘治正德时期的刘健、李东阳、谢迁、王阳明等，这些历朝明皇的文人们，都是在和皇权的并存中极力去争夺大明社会伦理道德体系话语权，这也是明朝皇帝依重宦官势力对抗文官集团的原因。
