分别是，长生术起源和传播，九门第一代的故事，九门第二代的故事，九门第三代的故事。整本盗墓笔记都是围绕在这四大阶段讲的，中间互相有穿插。先来说长生术的起源。其实长生术的起源特别的简单，就是在远古的时候，地球落下来几块巨大的陨石，这几块陨石带有某些特殊的能量，能够改变地球上动植物的结构，让这些动植物能够延年益寿。
而这个秘密被一个姓张的古老家族发现了。这个家族开始全世界的找这些陨石的碎片，并且开始研究这些陨石，他们从这些陨石的研究中，成功的研究出了一套可以让人长生不老和延年益寿的办法。一开始这些办法只有一个张家知道，但是后来有一天，一个叫做西王母部落的古国在张家废弃的实验室中，发现了这个关于长生的秘密，于是他们利用张家的部分技术，自己也研究出了一套延年益寿的方式。
后来一个叫做周穆王的帝王听说西王母有这套秘术，便来到西王母部落求取这套方法，由于当时的周天子实力强大，所以西王母便把这套技术给了周穆王。而后又到了明朝，一个叫做汪藏海的建筑学家，又在一次建造皇陵的时候，发现了这个秘密的存在，于是汪臧海经过千辛万苦终于也得到了部分的张家秘术。自此张家掌握的长生不老技术，算是在天下间开始传播了起来，而获得过长生秘法的几个人都留下了后代和后手，准备在几千年后成功复活。
第二阶段，张家内讧，老九门成立伴随着时间的迁移，时间线来到了清末民国时代，这个时候强悍的几千年的张家内部出现了分裂，导致张家的力量大损，而张家的老族长，又在下墓的时候，死在了古墓中，新任的张家族长就是咱们的小哥张起灵，开始寻求外力来帮助家族度过这个难关。也是在这个时候，长沙城在日军的压力下，九门组织成立了。
而这个组织的老大就是张家的外族之人，张启山。为了寻求外力的帮助，张家将长生的秘密透露给了现在的九门，九门开始帮助张家守护这个秘密，而后因为九门出了叛徒，长生的秘密被出卖给了当时的掌权人，掌权人非常想要得到这个秘密，于是成立了一个神秘的组织“它”。这个组织开始逼迫张家和九门交出这个秘密，但是张家不可能给这个秘密，于是这个组织开始自己寻找这个秘密，后来因为九门不知道长生的具体秘法，九门第一代便遭到了这个组织的追杀，最后九门分崩离析。
九门的主要人物还是在佛爷的掩护之下这才逃出去了大半。第三阶段，九门二代成为试验品。九门的第一代领导人，在逃出长沙以后，开始隐姓埋名，并且开始靠着盗墓和经商开始慢慢的恢复元气，而这个时候九门的第二代也开始了成长起来，并且有几家人的后代也开始卷进当年的风波之中，这里边尤其是以陈家，霍家，解家和齐家为主。虽然九门已经分崩离析，并且九门的价位家主都已经隐姓埋名，但是“它”没有放弃寻找长生的秘密，于是他们把突破口放在了九门的二代之中，“它”组织所有能找到的九门的二代人员，开始重新研究长生的秘密，并且为了逼九门的第一代出手，不惜让九门的第二代成为试验品。
就这样九门的第二代，全部中招，他们为了自救，只能走上一条未知前途的道路。第四阶段，九门三代开始破局九门在第二代成为了试验品以后，九门的第一代族长，看出来了“它”的目的，于是九门第一代现存的人，开始为第三代铺路，防止他们重新成为长生的牺牲品。于是开始制造各种的烟雾弹，真真假假，假假真真，让所有人都不知道，到底谁才是真正的九门后人。
很快九门的第三代就成长起来，并且因为有着九门的庇护，他们的能力配上现代的知识，他们的本事都很强。于是九门第一代和第三代开始联合起来，拯救第二代和对抗“它”和汪家。最后终于在九门第三代的不懈努力之下，成功的脱离了“它”的掌控，并且将“它”复活的希望彻底给粉碎了。最后在所有人的联手之下，九门的人也打入了汪家的内部，将汪家从内部给瓦解了。
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