大蛇丸野心勃勃，由于目睹了太多人的死亡、知道生命是脆弱的而误入歧途，他认为人体中蕴含着一生都无法使用的力量，因此他想获得长生不老从而学习世间所有忍术，掌握世间的真理。大蛇丸可以说火影中的自由人，不受制于任何一人，就算其之前加入晓也只是为了研究晓组织掌握的忍术典籍，以及想要获取宇智波一族的轮回眼。在其脱离晓组织以后，大蛇丸在田之国建立了自己的忍者村－音忍者村，标记是八分音符，其势力范围位于火之国的北方。
他的重要部下有红莲（动画原创人物）、鬼灯水月、重吾（北方据点）、香燐（南方据点）、药师兜、音忍五人众（即辉夜君麻吕、多由也、次郎坊、鬼童丸、左/右近）等。所以大蛇丸从始自终都没有把自己当做任何一方势力的人，大蛇丸是实实在在的为自己而活，一直研究自己的长生之术，在自己的科研道路上越走越远。即便在第四次忍界大战中，大蛇丸打算帮助忍者联军，也并不是说大蛇丸回归木叶，而是大蛇丸发现了比夺取佐助的身体更为有趣的事情，那就是看佐助最终能够成长到什么样的高度。
《火影忍者》为什么大蛇丸不直接移植佐助的写轮眼非要换身体？
1.大蛇丸会一种禁术，叫做“不死转生”，这个禁术的特点就是将自己的精神转移到别人的肉体上，从而达到永生的目的。其实，这个术很像寄生虫到处寻找宿主一样。并且对宿主的要求还非常高。而宇智波佐助的身体状况是一等一的高级，他是仙人转世。不管是身体的各项机能指标和智商，都是顶级配置。是非常难得的宿主。大蛇丸对佐助的身体是觊觎已久。
2.大蛇丸不会夺取他的写轮眼的。写轮眼代表的是绝对的精神力量的攻击，而大蛇丸追求的是科技和永生的力量。大蛇丸刚加入晓得时候，对鼬的眼睛很好奇，但是，随着大蛇丸对禁术的研究，他逐渐放弃了对写轮眼的研究。况且，他很清楚，移植别人的眼睛，是非常消耗查克拉，对身体的损害会很大。大蛇丸的身体本来就不怎么样，他不会铤而走险，去移植佐助的眼睛的。
大蛇丸为什么脱离晓？跟鼬有关系吗？为什么角都、飞段、迪达拉和蝎几人在组织里都面临被队友杀的风险，却没脱离组织？
在由岸本齐史亲自操刀为《究极风暴》创作的《晓创生》里，记录了大量关于“晓组织”的幕后故事，看过疾风传我们大致知道:晓组织的行动方式以二人行动为主，搭配方式主要看“共同特性”，或者不死，或者都具有艺术感，但有一组显得很特别，那就是鼬和鬼鲛。晓组织看似是一个把捕捉尾兽作为主要任务的黑暗组织，但实际上成员关系复杂得很，首先长门和带土就属于互相利用的关系，而不是上下级。
自来也潜入雨隐村深前，带土来“传达组织精神”，带土刚走，天空就下起了大雨，其实是佩恩的“雨虎自在术”，试图借此掌握带土的行踪。之后晓组织也实际上分成了两派，即面具男派和佩恩天道派，概括来说，谁介绍进组织的，这个人就是哪一派的。角都飞段、蝎迪达拉以及小南都属于“天道派”，但其中又以宇智波鼬这组最为特殊，鼬表面上是晓组织成员，却又暗中亲自参与并掌握晓组织动态，并且死后也在佐助的眼里留下天照，想杀死对木叶不轨的面具男。
为了控制宇智波鼬，面具男派鬼鲛和鼬组队，而鬼鲛就是面具男派的铁杆儿，前期除了鼬唯一见过面具男“真面目”的人...但鬼鲛见的是“斑”，还是带土呢？绝又属于哪一派呢？不得不佩服岸本的挖坑技术啊，满满的都是套路。而在《晓创生》里，我们可以了解更多晓组织创建的细节以及成员之间的故事。在《晓创生》的剧情中，大蛇丸主动寻求天道的注意，可以说是主动加入晓组织的，原因其实也很简单——对轮回眼产生了强烈的兴趣。
加之那时候大蛇丸刚刚脱离木叶，对这种“黑暗气质”满满的组织，多少对些胃口，对于大蛇丸来说，晓组织不是什么邪恶组织，而是一座科学宝库，里面的人都很有意思，甚至都可能看成了小白鼠，而佩恩天道，就是最大的那只。奈何实力差距十分巨大，总是搞不到佩恩的情报，上头对天道出手过一次，领略过神罗天征之后就老实了，当时蛇叔的基本战略就是:稳住别动，问题不大。
后来在晓组织里遇见了鼬（鼬灭族入伙），大蛇丸不禁感叹道:“啊！世界真奇妙！”，如果说天道的轮回眼在蛇叔眼里是Xplus，鼬的写轮眼就是个X，勉强也还行！然后为了科研，为了转生术！为了信仰！！蛇叔又上头了，本以为问题不大，谁料鼬也是狠角色，直接打断了大蛇丸一条手臂。大蛇丸也根本打不过！蛇叔的世界观直接崩塌了！en？？能加入这个奇妙组织之前我感觉我是无敌的，加入组织后竟然谁都可以吊锤我大蛇丸？一定是设定变了！这之后，大蛇就失去了自信，万念俱灰地退出了晓组织，但蛇叔是个不服输的男人！退出组织后，蛇叔为了有能继续研究轮回眼以及万花筒写轮眼的实力，密谋了以下几件事:1、继续刻苦钻研科学和兜在秘密基地研究其他够得着的忍术。
比如完善了秽土转生，并且把这个术吃得很透，也为后来秽土四个火影埋下伏笔。2、培植势力通过晓组织，大蛇丸也明白了，自己再厉害，终究是一个人，开始培植自己的势力——音忍村以及各种有特殊能力的忍者。3、木叶摧毁计划除去仇恨，木叶的各种禁术对大蛇丸也有巨大的吸引力，说到底，还是因为渴望木叶的力量，比如千手和宇智波结合的奇妙变化，团藏对此次行动虽然谈不上支持，但至少是默认的，因为团藏本人也特别享受大蛇丸带来的全新力量。
4、物色新的“容器”祈求获得科学之外的力量来对抗可能到来的来自晓的追杀，迫切想进一步提升自身实力。有点说跑题了哈....其实我并不认同“晓组织成员面临死亡威胁”的说法，大家不仅都是高手，而且都是极有个性的高手，俗话说一山难容二虎，互相之间看不顺眼是很正常的事。反而我觉得这种“死亡威胁”看起来有点亲密感，因为只有熟人之间才开玩笑，对陌生人才谦谦君子。
