于是耶律齐数次集投身蒙元以供驱策的江湖败类，围剿古墓，但因古墓机关重重，每次都无功而返。杨过与小龙女不堪其扰，于是抱着尚在襁褓的女儿杨瑶琴，放下古墓断龙石，远赴西域，往义父欧阳锋昔日故居白驼山而去。杨过夫妇途经河西走廊，准备拜会故人凉州万兽山庄的史家兄弟，意外见到了在此避祸的郭芙。郭芙见到杨过夫妇，不禁想起了丈夫背叛、父母双亡等诸多往事，潸然泪下，泣不成声，幸有小龙女暖语安慰，心情才稍有平复。
小龙女见郭芙孤身一人，栖身于此，始有不便，于是相邀一同前往西域。临行之际，杨过授言人称“金甲狮王”的三庄主史叔刚，见机行事，想法取回耶律齐手中的丐帮信物打狗棒，重振丐帮声威。待到三人来到西域白驼山后，小龙女终因舟车劳顿，产后体虚，旧毒复发，撒手人寰而去，葬于白驼山摩崖洞内。郭芙看着郁郁寡欢的杨过，痛心不已，默默地照顾着杨过的起居，接下小龙女身为母亲的责任，照看起尚在襁褓的杨瑶琴。
杨过与郭芙自幼同在桃花岛长大，那时两人便互有情愫，无奈造化弄人，偏将情丝缠身，爱恨情仇就此拉开序幕。尤其是郭芙对断臂一事一直心有芥蒂，未能释怀，此情可待虽可忆，只是当时已惘然。当下，同是天涯沦落人的两人，昔日满怀的不了情，更多了一份牵挂，如今都有心，怎能再无心？经历磨难后的杨过与郭芙终于走到了一起。翌年，杨过与郭芙之子杨破天呱呱坠地。
杨破天自幼天生异禀，根骨非凡，乃万中无一的武学奇才。郭芙对杨瑶琴也是轻怜重惜，百般疼爱，喜爱程度甚至超过了杨破天。此时的西域虽远在西荒，却非静水一湾，各方势力龙蛇混杂，犬牙相错，呈现出云谲波诡，暗潮涌动之态，而且蒙元也将西域纳入版图，更建立新政钦察汗国。昆仑派、西域少林、金刚门等大小数十家帮派势力彷徨四顾，迟回观望，不知该何去何从，尤其是因朝廷不容，丢失圣物圣火令逃亡到西域的明教。
明教在遗失圣火令后，教主石元不得不引咎辞职，继任者衣琇又拿不出圣火令，以至其继承问题得到诸多质疑，由此产生的分歧而导致明教内部纷争不断，就在衣琇两难之时，明教又接到波斯总坛臣服于蒙元的命令。偶然之下，衣琇通过百草仙结识了白驼山的杨过。杨过认为，明教虽发源于波斯，但在中华生根已有百年之久，总坛之法度自是不适合中土。
现鞑子朝廷占我河山，蹂躏中原，残害百姓，汉人反抗之心比比皆是，明教只需登高一呼，以抗击蒙元为宗旨，自会得到天下人响应，他日找回圣火令，不必再听命于波斯总坛，必会与其呈分庭抗礼之势。待到杨破天十八九时，二十出头的杨瑶琴已出落得清雅绝俗，姿容秀丽无比，颇有几分其母小龙女当年的模样。杨瑶琴思念亡母，欲在古墓设衣冠冢以示纪念其母，于是辞别父亲，重回中原，往古墓而去。
杨过不忘郭靖夫妇遗志，将白驼山让与明教，并更名光明顶，使之成为了中原明教总舵，之后杨过让杨破天远赴波斯寻回屠龙刀。此时波斯明教总坛内部也因圣女废立之事，而纷争不断。波斯明教本来有三大圣女，绿莎玛 、萨维伦，梅绿荻。因教中圣物圣火令遗失，前教主在世之时，分送三圣女到各地，并留下遗命，谁找到圣火令，便让谁接任教主。
不想奇缘巧合之下，绿莎玛从波斯铸剑高手中得到了圣火令，并荣任教主。岂料，绿莎玛与梅绿荻却已失贞，按照总坛教令，失贞之人不可担任教主，而送到净饭国的萨维伦圣女却又失踪，无奈之下，只得让绿莎玛暂时担任教主。但三大长老之首的大法王终又查得萨维伦的下落，并且得知她并未失贞，依照教规，当废绿莎玛而立萨维伦为教主才是，但其他法王却以萨维伦并未给总坛立功为由，拒绝让其接替教主。
杨破天到了波斯之后，条分缕析,抽丝剥茧，这才得知，绿莎玛早有辞去教主之心。原来，绿莎玛与一有中华血统的男子，情投意合，并产下一女黛绮丝，但按教规，失贞之人应该火焚而死，所以便挨到今日。杨破天设法迎回萨维伦圣女，又说服三大长老及一众法王，然后萨维伦圣女以教主之名向明尊发誓不再追究绿莎玛失贞之罪，使得教主之位顺利交接。
明教上下见免去了一场血光之灾，自是欢声如雷。已是教主的萨维伦圣女为感谢杨破天，让其任选总坛中的物品作为犒赏。杨破天本想将屠龙刀与圣火令一同带回中原，但其乃是化外之人，又非明教中人，取回圣火令已违反教规，只得独取了屠龙刀。杨破天以未见过圣物圣火令为由，希望能借的一端。杨破天瞧着圣火令上的波斯文字，眉头紧锁，旁人见其对圣火令上的文字感兴趣，给予解释，内容为“倒转天地”，是教中一门极厉害的角力摔跤之术。
