于是，有观点认为，《水浒传》的故事是从宋仁宗这里开始的，前后跨越了六十余年。其实，施耐庵的《水浒传》故事从北宋开国时就开始了。现在的通行本删掉了一大段内容，这部分内容中，着重介绍了两个皇帝：宋太祖赵匡胤和宋仁宗找祯。施耐庵说，赵匡胤是道教雷部大仙下凡，属于道家最高权利部门的空降干部。因而，天下是太平的盛世。
而赵祯则是赤脚大仙下凡，是道家的散仙，大概是个体制外的游方道士。两个品级差了太多的道家上仙，对于大宋而言，完全就是两重天地。嘉佑三年（公元（1058），王安石出任度支通判，掌握朝廷财政大权。这一年，王安石上万言书，开启了“熙宁新法（史称王安石变法）”。熙宁新法实施后，招致以司马光为代表的大臣强烈反对，朝廷形成变法新党、反对变法旧党的党争。
史家认为，北宋亡国的祸根之一，就是愈演愈烈的党争。施耐庵早就持此观点，因而，把“熙宁新法”的发轫之年形象的比喻为妖魔出笼，祸害大宋。那么，为什么又偏偏是“洪”太尉放出了妖魔呢？洪太尉的多重隐喻洪信其人并不见诸史册，是个虚构的人物。既然是虚构，那就可以是张太尉、刘太尉，以及任何姓氏的太尉。而施耐庵偏偏选定洪太尉，则是大有深意的。
施耐庵把妖魔出笼的时间锁定在嘉佑三年，以故事本身而言，洪太尉首先隐射的就是王安石。在这一年，王安石提出变法，意味着“妖魔”被放了出来。张天师做了道场后，瘟疫被祈禳，则是表明在仁宗朝变法没能实施，大宋的道家气象还是得以保留，道家散仙赤脚大仙毕竟还是名副其实的道家神仙。在这一回书中，有一个很奇怪的人物出场，就是已经去世六年的范仲淹。
正是范仲淹提议，仁宗才下诏派洪信去龙虎山宣请张天师的。为什么要把死去的范文正公招魂到嘉佑三年呢？因为，范仲淹曾经主持“庆历新政”，也是一个改革家。在范仲淹之前，还有赵哲、文彦博两个大臣建议，以抚恤百姓来消除瘟疫。这两个人中，文彦博是真实的历史人物，是一个十足的守旧派。此人活了九十岁，王安石变法时，也加入到旧党行列，非常激烈的反对变法。
在嘉佑三年这个时间节点上，以一个改革家和一个保守者来隐喻后来的党争之祸，施耐庵认为，他们都是放出妖魔之人。所以，《水浒传》中无好人。施耐庵并没有抨击变法，而是把矛头对准了因变法而导致的党争。所以，宋仁宗、王安石、范仲淹、文彦博，等等，出现在嘉佑三年三月初三五更三点紫宸殿上的所有人，都是“洪太尉”。而紫宸殿，其实就是伏魔大殿。
此事与九天玄女有关九天玄女传授给宋江的天书，施耐庵详细介绍了它的规格：长五寸，阔三寸，厚三寸。在传授天书之前，九天玄女赏赐给宋江三杯仙酒，三枚仙枣。把这一串数字连起来，就是嘉佑三年三月初三五更三点。九天玄女是道家最高阶神仙，因为体制外的散仙宋仁宗放走了妖魔，道家高层便要来收伏这些妖魔。但是，道家又不亲自出手，想出了以魔伏魔的招式，从妖魔中找一个人来“替天行道”。
但是，大宋王朝因为失道太久，腐败不堪，九天玄女庙早已失修而尘土飞扬。道也挽救不了北宋的灭亡，九天玄女不过是尽点道家最高阶神的职责罢了，而把主要责任一股脑的推给了宋江。尽管找到了“替天行道”之人，但是，九天玄女知道结局无法挽回。因而，当宋江即将走出九天玄女大殿之时，两个青衣使女给宋江提前模拟了北宋灭亡的最后一幕。
这一幕就是“二龙戏珠”，隐喻宋徽宗、宋钦宗父子二人在金国即将大举进攻之前，相互推卸责任，宋徽宗先让位，后南渡，企图与童贯、蔡攸等人到镇江复辟。宋江看到这一幕，正不知何意，便被使女推下了池子。这便是宋江最终的结局：死于北宋亡国之年的帝争。由党争上升为帝争，这就是施耐庵《水浒传》的贯穿思路，也是《水浒传》的核心所在。
作者以大宋宣和年间的宋江三十六人作乱的故事，隐含了自己的创作思想。洪信暗喻朱元璋贯华堂本《水浒传》讲误走妖魔的故事，这一回是“楔子”。洪信放走妖魔后，便“楔出”七十个讲梁山故事的回目。而第一回“王教头私走延安府，九纹龙大闹史家村”才是梁山故事的真正开篇。故事一开篇，作者就告诉我们，历史已经进展到嘉佑三年的六十年以后，妖魔即将出现了。
而领衔妖魔出场的，却是一个不文不武，于梁山故事没有多大作用的小人物：神机军师朱武。这个人物在续书《征四寇》中很牛逼，但在《水浒传》中却百无一能，除了苦肉计、搬救兵两招而外，根本就没有任何智谋，施耐庵说“神机”当另有所指。我们把朱武的名字分开，当中加一个“洪”字，就是“朱洪武”，大明开国皇帝朱元璋！施耐庵诅咒大明王朝洪太尉在放走妖魔前，在龙虎山上遇到了跳涧虎陈达、白花蛇杨春，正是这二人与朱武一并出场，很巧妙的照应了放走妖魔的故事。
所以，洪太尉有朱武的隐喻，这就是朱武“神机”的含义。而陈达、杨春直接暗喻朱元璋最得力的两员大将徐达、常遇春。施耐庵参加过张士诚的起义，张士诚手下大将卞元亨是施耐庵的至交，有人说，还是施耐庵的表兄弟。元至正二十六年（公元1366年），朱元璋任命徐达为大将军，常遇春为副将军攻打张士诚。这年九月，张士诚兵败被擒，不久就自缢身亡了。
虽然施耐庵不赞同张士诚的一些主张，但毕竟有过君臣的情分，加之与卞元亨交厚，对朱元璋的不满，便把以洪信加朱武来讥讽朱元璋。同时，张天师出场时骑着一头牛，这也是暗讽朱元璋一个放牛娃竟然得了天下。据考证，施耐庵并非死于大明洪武三年，而是更后大约二十多年时间。期间，亲眼目睹了朱元璋废除丞相制，以内阁取而代之。
内阁则是明朝党争之祸的发端，与北宋王朝一样，朱洪武把朝廷带入了导致大明灭亡的党争泥淖之中。因而，施耐庵在“楔子”中借用洪太尉，诅咒大明王朝必出妖孽。施耐庵一语成谶，大明王朝衰败于党争，最终也与宋王朝一样，被少数民族政权所取代。《水浒传》水很深，读到这一层，才真正理解，这样的著作才配得上四大名著的称号。
