柯南利用眼镜雷达定位，在六角堂找到了元太。六角堂位于六角通与乌丸通路口，算是京都地理上相当的市中心了。正在大修中的六角堂正门……众人在六角堂内商店外的长凳上找到了元太：服部在了解侦探勋章的功能时，柯南突然明白了凶手丢弃凶器后如何找回凶器的方法：鸭川两个人分析案情，走到了鸭川。影片中鸭川的景象，是从四条大桥向下看的角度：四条大桥旁就是先斗町的入口，前一晚密室杀人案发生的茶屋，应该就是紧挨鸭川的这一排餐厅中的某一家。
大家回到山能寺，就发生了毛利小五郎胡乱指认凶手的乌龙。而柯南也在这个时候，悟出了迷宫地图真正的含义，柯南与服部通力合作，猜出了图中所有物品指代的路名，并由此找到了佛光寺的线索。六角堂柯南与服部直奔佛光寺，中途服部毒发眩晕，两个人又进六角堂休息：在六角堂中，柯南指出，服部一直收藏的水晶，并不是小女孩丢失的，而是当年源氏萤集团盗窃山能寺佛像时，从佛像额头掉落的白毫，因此源氏萤集团一直在寻找服部。
虽然六角堂在大修正门，但得天独厚的地理位置和方便的交通，让这里成为一个非常适合花一点时间顺路拜访的景点。乌丸通离开六角堂，柯南与服部沿着乌丸通继续前往佛光寺，影片一闪而过乌丸通的几处街景。乌丸通路牌：毕竟是十几年前的电影，商店外墙上的招牌已经被拆除，但墙上依然保留着当年固定招牌的痕迹。乌丸通与蛸药师通路口：四条通两人继续走，经过乌丸通四条通路口：佛光寺两人终于走到了佛光寺，先是经过高辻通与高仓通路口的围墙：然后走到位于高仓通的正门：进入佛光寺：走向本殿：柯南突然反应过来，这里虽然叫佛光寺，但却是玉龙寺的遗址，因此玉龙寺才是契合迷宫地图那个「玉」字真正藏着被盗佛像的地方。
玉龙寺是影片虚构的寺庙，佛光寺外那块所谓的玉龙寺遗址的石碑，现实中并不存在。不过佛光寺规模宏大，游客稀少，也是一个值得一逛的地方。柯南参透了玉龙寺的隐藏线索，服部也接到了凶手的电话，要求服部前往鞍马山的玉龙寺。两人由此找到了真正的玉龙寺所在地，可这时服部再一次毒发晕倒。一条戻桥灰原哀在这部影片里出镜极少，在剧情接近高潮的部分，在一条戻桥现身，接了通神秘电话。
结局时可知，是柯南找她要让人迅速感冒的药丸，利用感冒暂时恢复工藤新一的身体，冒充服部前往玉龙寺救人。一条通与堀川通路口，可以说离整部影片剧情开展的所有地点都非常遥远。难得灰原哀那么有闲情逸致，跑到这么个偏远的位置来……可能有什么隐藏任务没有展开吧玉龙寺影片到达凶手西条与服部决斗的高潮部分，与真实世界相匹配的打卡点也到此结束，接下来虚构的玉龙寺，应该是以鞍马寺为原型塑造的。
毕竟鞍马寺就是义经年少时出家的寺庙，而在影片中，源氏萤集团首领义经，死之前就在玉龙寺当住持，西条的夙愿也是卖掉佛像，在这里重振义经流。后来的剧情，差不多就是工藤救和叶，服部又救工藤，工藤跑了变成柯南再回来救服部，让人不禁想起了大话西游中的经典场景——现在是妹妹要救姐姐，待会儿，就是姐姐要救妹妹了.....最后再来说一下山能寺吧大家都知道，山能寺是虚构的，因此它的原型是哪座寺庙，最主流的说法也有两种：一个是三十三间堂，一个是醍醐寺。
但三十三间堂位于鸭川东岸的七条通上，醍醐寺更是远在京都东南郊区的醍醐山，如果说从建筑形制上进行了参考，能够理解，从地理位置上来说，完全不符合山能寺在影片中的定位。山能寺可是贯穿整部影片始终的故事起源点，是柯南等人在京都落脚的大本营，更是正反派冥冥之中第一次照面的地点啊。这么重要的一座寺庙，对于一部始终都在还原现实场景的影片来说，选址必须逻辑上能让人信服才行。
所幸！！！我们在前面就说了，山能寺的地址，在影片中，被千贺铃一语点出：还记得这个场景吧，大家从夷川通的水尾家离开，千贺铃沿着小川通送柯南等人到御池通：当时千贺铃的原话如下：「其实山能寺就是在六角路上，我们现在经过的是夷川路，丸竹夷二押御池姐姐六角，所以那应该是在第六条路上。」然后再通过 Google Map 的街景功能和影片进行搜索，可以找到不少山能寺周边的关键信息。
毛利小五郎一行从JR站坐出租车到达山能寺的一系列镜头：这是六角通与油小路通路口西侧。街角的电线杆、扭曲的路牌、建筑物外形、墙灯，全部符合！出租车驶过山能寺围墙：这是六角通油小路通路口东侧。山能寺是虚构的，它的围墙自然就不存在，看远处棕色的大楼，符合！柯南与服部破解迷宫地图，冲出山能寺前往佛光寺：还是这个路口，看电线杆、建筑外形，以及左侧的店招，符合！所以种种的证据显示，真相只有一个：山能寺，就是现实世界中的——本能公园！本能公园位于六角通与油小路通路口的东北角，占地不大，有多个出入口，位于六角通的南门，就是影片中山能寺的正门。
