当然，战争期间出现个别抗命或者动摇分子是不可避免的，所以第三条措施也包括惩罚办法，各野战军、各军区都设有专门的“军法处”，解放以后则设立专门的“军事法院”，这都是对军人犯法进行审判和处罚的机构。一般来说，对于严重违犯战场纪律构成犯罪的士兵，除对临阵叛变投敌分子阻止无效可就地果断处置外，其他均应交军法处以及后来的军事法院依法惩处，但是在战争年代，确实事急可以从权，不服从命令被枪毙的事件也有发生。
军纪严明是部队赢得民心和打胜仗的保证，所以哪怕你功劳再大，违纪或者抗命也要受到惩罚，《亮剑》里面副总指挥有句名言：“战场抗命这个毛病是惯不得的”，那么李云龙成功突围也得下放到被服厂绣花，之前过草地纵兵抢粮就被一撸到底背大锅，刀砍俘虏就得降职处理，这还是文学创作有演绎的成分，在真实的战史上，处罚和处理办法比这些严格得多。
而蒋军也在1925年就颁布了《国民革命军军法》，其中最重要的是“连坐法”，那就是一人抗命或者临阵退缩，全班跟着遭殃。连坐法的原文部分摘录如下：“现在军队，不知节制，所以上下不相连系，以致进前者徒死而无赏，虽欲赏之，无从查考；退后者偷生而无罚，虽欲罚之，亦无从查考。今定有节制矣！如一班同退，只杀班长；一排同退，只杀排长；一连同退，只杀连长；一营同退，只杀营长；一团同退只杀团长；一师同退，只杀师长，以上皆然。
如此看之，所杀不过三五人，似与士兵无涉，还可退走”。翻译过来，就是战场上情况混乱，只杀主官并不能彻底分清责任，于是正式推出连坐法：一、班长同全班退，则杀班长。二、排长同全排退，则杀排长。三、连长同全连退，则杀连长。四、营长同全营退，则杀营长。五、团长同全团退，则杀团长。 六、师长同全师退，则杀师长。 七、军长亦如之。
八、军长不退，而全军官兵皆退，以致军长阵亡，则杀军长所属之师长。九、师长不退，而全师官兵皆退，以致师长阵亡，则杀师长所属之团长。十、团长不退，而全团官兵皆退，以致团长阵亡，则杀团长所属之营长。 十一、营长不退，而全营官兵皆退，以致营长阵亡，则杀营长所属之连长。十二、连长不退，而全连官兵皆退，以致连长阵亡，则杀连长所属之排长。
十三、排长不退，而全排皆退，以致排长阵亡，则杀排长所属之班长。十四、班长不退，而全班皆退，以致班长阵亡，则杀全班兵卒。十五、各级党代表亦适用本连坐法。如此森严的军纪，对北伐军在战争初期作战勇敢起到了重大作用，各级军官和士兵很少出现抗命情况，纷纷冒死冲锋，比如贺胜桥和汀泗桥等役，在气势上都彻底压垮了北洋军。
