钟山顶上的岩石泛紫色，所以称金陵。公元前333年，楚威王打败越国，尽取越国夺取的吴国的地域，在石头山（今清凉山）筑城，称为金陵邑。秣陵南京称秣陵始于秦。公元前210年，秦始皇南巡改金陵为秣陵。秦始皇认为金陵王气很重，为泄王气，断淮水（古秦淮河），改金陵名。秣是草料，意即此地只配作牧马场。然事与愿违，秦始皇在北返西归途中，一病不起，永辞帝业。
建业南京称建业始于三国东吴。211年，孙权将政治中心自京口迁秣陵。212年，孙权在原楚国金陵邑故址上修筑石头城，称秣陵为建业，寓意“建功立业”。229年4月，孙权在武昌称帝。同年9月，在朝野“宁饮建业水，不食武昌鱼。宁还建业死，不止武昌居"的呼声中，迁都建业，开创了南京建都史。建邺南京称建邺始于西晋。
280年，西晋灭三国东吴，建都洛阳。晋武帝对东吴“建业“之名非常反感，于282年改建业为建邺。建康南京称建康始于西晋。西晋建兴元年（313）因愍帝名叫司马邺，为避讳起见，逐改建邺为建康。317年，司马睿即位，是为晋元帝，东晋正式建立，定都建康。东吴、东晋和南北朝的宋、齐、梁、陈合称六朝，故南京被称为六朝古都。
扬州传说黄帝时代，南京属于江南地域；到传说中的尧、舜、禹时代，南京则属古“九州”中的扬州。南京称扬州始于东汉末年，至唐朝唐太宗即位时期，约四百多年时间。280年西晋灭吴后，把晋、吴两国的扬州合二为一，治所设在原吴国的首都建业西州城（古扬州城，今朝天宫西街中段偏南位置）。后扬州的辖地逐渐缩小，东晋和南朝时，首都建康西州城一直是扬州的治所。
隋灭陈朝，改扬州为蒋州，又将原来的吴州（治所在今江苏扬州）改为扬州，但总管府仍设在丹阳（今南京）。620年唐高祖又改扬州为兖州，而在润州江宁县（今江苏南京）置扬州。623年，兖州（治所在今江苏扬州）改名为邗州。直到626年玄武门之变后，唐太宗即位。将治所在江宁县的扬州废除，并入润州（治所在今江苏镇江），而邗州则再次改名为扬州。
从那时起，今天的扬州市才享有了"扬州"的专名。石头城南京称石城始于东吴。东吴孙权灭楚，在金陵邑旧址上修筑的城池取名叫石头城，历史上又称石首城，简称石城。白下南京称白下始于南北朝宋。东晋时期在今幕府山山麓筑白石垒作为军事要塞。南朝宋于此设城隍，因位于白石山下，故名白下城。丹阳（丹杨）南京称丹阳始于东汉，历时500余年。
从东汉建安二十六年（221）孙权将丹阳郡治所迁到建业开始，到唐玄宗天宝元年（742）改润州为丹阳郡结束。因丹阳郡治所曾经在南京石头城，所以也作为南京的别称之一。蒋州三国吴时改钟山称蒋山。基于蒋山的名望，隋朝政府平定江南后，将设在六朝故都建康石头城内的行政管理机构取名为蒋州。自隋开皇九年（589）设置蒋州，至隋炀帝大业三年（607）改蒋州置丹阳郡，蒋州一共存在了9年。
